曾国藩即便后悔，也没耽误了他正事，一边后悔一边也没忘了查问实际案情。曾国藩了数百名当初闹事的带人，询问挖剖心有何实据？结果竟无一人能说个一二三来。他又逐一讯问了教堂的一百五十余名中国教民，也均称习教已久，其家送至堂中豢养，并无被拐情节。曾国藩抵达天津十几天以来，也没有一遗失幼孩之家前来报案。所以曾大帅得了结论，迷拐孩作药的事“全系谣传”、“毫无实据”他当即定下“但冀和局之速成，不顾情罪之当否”的理原则，这个原则于情于理都是妥当的，可惜这跟社会舆论就大相径了。

法国方面也在继续施加压力，曾国藩刚天津城，法国公使罗淑亚和主教樊国樑也到达了天津。直接到三通商衙门与曾国藩、崇厚见面，罗淑亚气地提四项条件：赔修教堂、礼葬领事、惩办官吏、查拿“凶手”过了三天，罗淑亚又照会曾国藩，威胁曾国藩如不将张光藻、刘杰及天津提督陈国瑞死抵命，法国师提督将带兵船到天津，彻底将天津城夷为平地。崇厚还到租界拜会了罗淑亚和法国新任驻津领事德微利亚，要求通一下，饶过张光藻等人，而罗淑亚一面也不给。新任天津知府绳武，带绅民代表去找罗淑亚求情，罗淑亚也是面沉似，不予理睬。

也正因是非对错念于心中不断战，奏折刚一发，曾国藩就后悔了。他对幕僚吐槽：“崇厚驻天津近十年，调停于民教之间，人颇讥之。事变之后，崇公示解散，有严禁聚众滋事之语，由是怨声载”而自己心一，答应置本地官吏，语太偏徇，同人多不谓然，将来必为清议所讥。不所料，朝中清果然全都开始狂曾国藩，大恨他不能一味，完全拒绝法人要求。诟詈之声大作，‘卖国贼’之徽号，也落到了曾国藩的上。京师湖南同乡尤引为乡人之大耻，会馆中所悬曾国藩官爵匾额，本来老乡们视为与有荣焉的件，现在也悉数被击毁。最最惜羽之人，却执行最最容易玷污清誉之事，似再没有比这更大的讽刺了。若非为了国家和大局，曾国藩真是宁可自杀，也绝对不这脏事。

称教案的发生是由于崇厚遇事偏袒洋人造成的，要求明断天津教案。曾国藩心情更加灰暗，他这次不仅要得罪读书人，怕是连百姓的民望也要失掉了，只能下轿草草安一番，然后便洒泪离去。

查明了实情之后，曾国藩找崇厚联名上了个奏折——《查明天津教案大概情形折》，其中仔细分析了五条天津士民之所以积疑成愤的原因。教堂终日闭门不开，莫能窥则，其可疑者一；中国之民到仁慈堂治病，恒久留不，其可疑者二；仁慈堂死尸，有洗尸封之事，其可疑者三；仁慈堂所以病人，虽亲属在内，不得相见，其可疑者四；堂中掩埋死人，有一棺而两三尸者，其可疑者五。“百姓积此五疑，众怒遂不可遏”所以曾国藩希望朝廷明降谕旨，将此情形布告天下，雪洋人之冤，释众人之惑。然而不知是恭亲王等诸人有意删改，还是崇厚暗中了手脚，在朝廷对外公开时，这五可疑之被完全略掉，于是曾国藩的奏折通篇都在替洋人说话，一时舆论哗然。曾国藩自然是有难辩，只能外惭清议，内疚神明。

曾国藩洋人其实啥也没的说法，自京师及各省皆斥为谬论，不肯信。一时间，舆论哗然，纷纷指责曾国藩“卖国求荣”“为洋人献媚”甚至到了“谤讥纷纷、举国杀”的地步。曾经是汉人英雄的曾国藩，一下成了众矢之地，一辈攒下的名声，不到十天就赔了个净。

曾国藩只能发布告示，晓谕士民查拿凶犯，修葺教堂。与此同时，在崇厚的几番劝说下，曾氏勉答应将天津周家勋撤职，知府张光藻、知县刘杰二员即行革职，请旨饬刑治罪，以示惩儆。如此，除了崇厚，天津的领导班被一到底，悉数落。依照曾国藩的本意，张、刘二人平时公正清廉，算是良吏，如此以替罪羊的方式来向洋人示好，实在有辱斯文。再者若真正逐一问责，当时教案的最责任者毫无疑问是崇厚，绝非、府、县三级官员，倘秉公置，崇厚须负主要责任，地方官吏多算协从之罪。然而崇厚有恭亲王这层保护伞，且又肩负赴法之命，曾国藩也奈他不何，唯有哑吃黄连，默默生闷气。